自从AlphaFold3的发布以来，它就如同一颗璀璨的明星，令无数科学家为之振奋。然而，谷歌DeepMind仅以一篇论文的形式发布成果，却未提供任何代码或模型权重，仿佛给大家呈现了一块美味的蛋糕，却不让人动手品尝。面对这种“闭门造车”的局面，许多团队纷纷开始复现工作。在这场科学竞赛中，初创公司Ligo脱颖而出，成为首个成功复现AlphaFold3的团队，这三位来自牛津大学的年轻创始人，仅用四个月的时间便完成了这一壮举，为科学界带来了极大的惊喜。
AlphaFold3在生物科学领域被视为里程碑，尤其是在蛋白质结构预测上，展现了巨大的应用潜力。然而，DeepMind的策略让人感到失望，他们的成果只能在特定服务器上使用，且调用次数受到限制，似乎在为未来的商业利益做铺垫。尽管如此，Ligo团队勇敢迈出了第一步，不仅成功复现了模型，还计划将其开源，惠及更多科研人员。
他们将DeepMind论文中的模型架构完全转化为PyTorch代码，甚至在此过程中发现了原始论文中的一些错误，例如损失函数的公式。这一发现可能会显著影响训练效果。团队还进行了多项优化，引入残差层以改善梯度流。在训练中，他们仅用8个A100 GPU便生成了相应模型，展现了惊人的高效性。尽管DeepMind因商业原因暂时封闭了成果，但Ligo的成功复现无疑点燃了希望，同时也激励了更多团队加入开源行动。
除了Ligo外，哥伦比亚大学的OpenFold团队和独立开发者Phil Wang也在积极参与这一开源运动，共同构建一个充满活力的科研生态。这样的进展让人们不禁想到AI技术带来的巨大变革。正如Ligo团队所展现的创新精神，我们也应该在这个快速发展的时代里，抓住机会，不断探索新的可能性。
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